1660’li yıllardan 1700 yıllara geçildiğinde, hoşgörü eğilimini durdurmak için ortaya konan tek tük, sert Püriten çabalara karşın dinsel dogmatizm yavaş yavaş azaldı. Papaz Roger Williams din üzerine görüşleri nedeniyle sıkıntı çekti. Bir terzinin İngiltere doğumlu oğlu olarak 1635’te New England’ın insafsız kışının ortasında Massachusetts’ten kovuldu. Massachusetts Valisi John Winthrop tarafından gizlice uyarıldığından, Kızılderililerle yaşayarak hayatta kalabildi; 1636’da Rhode Island’da farklı dinlerden insanlara kucak açacak yeni bir sömürge kurdu.
İngiltere’deki Cambridge Üniversitesinin bir mezunu olarak çalışan insanlara ve değişik görüşlere sempati beslemeye devam etti. Fikirleri onun zamanının çok önündeydi. İmparatorluğu ilk eleştirenlerden biriydi ve Amerikan topraklarının Kızılderililere ait olmasından ötürü Avrupalı kralların Amerika’da toprak dağıtmaya hakları olmadığı konusunda ısrarlıydı. Williams aynı zamanda kilise ve devletin ayrılmasından yanaydı – bugün hala Amerika’da temel bir ilkedir. Hukuk mahkemelerinin dinsel nedenlerle insanları cezalandırma gücüne sahip olmaması gerektiğini savundu – katı New England teokrasilerinin temelini zayıflatan bir görüş. Eşitlik ve demokrasiye inanan birisi olarak Kızılderililerin ömür boyu dostu oldu. Williams’ın çok sayıda kitaplarının arasında Kızılderili dillerinin ilk hazır cümle kitabı da vardır: A Key Into the Languages of America (Amerikan Dilleri için bir Anahtar, 1643).
Kitap, aynı zamanda, kabileler arasında yaşarken geçirdiği zamanı temel alarak Kızılderili yaşantısını göz alıcı bir biçimde anlatan olgunlaşmamış bir etnoğrafyadır. Her bölüm, yemek yemek ve yemek zamanı gibi bir konuya ayrılmıştır. Bu konuyla ilişkili olan Kızılderili kelimeleri ve cümleleri yorumlarla, kısa fıkralarla ve bir şiirle birlikte sunulmuştur. İlk bölümün sonu şöyledir:
If nature’s sons, both wild and tame,
Humane and courteous be,
How ill becomes it sons of God
To want humanity.
Eğlence ile ilgili kelimeleri içeren bölümde, şöyle der: “Garip bir gerçektir ki, insan kendilerine Hıristiyan diyen binlercesinin yerine bu barbarların arasında daha çok eğlence bulacaktır.”
Williams’ın hayatı eşsiz bir ilham kaynağı oldu. İngiltere’deki kanlı İç Savaş sırasında gerçekleştirdiği bir ziyaret sırasında buz gibi New England’da nasıl hayatta kaldığından ilham alarak, kömür tedariki kesilince Londra’nın fakirlerine kış boyunca odun taşıttı. Dinsel hoşgörünün sadece farklı Hıristiyan mezhepleri için değil, Hıristiyan olmayanlar içinde korunması gerektiği üzerine canlı makaleler yazdı. The Bloody Tenet of Persecution for Cause of Conscience (Vicdan Nedeniyle Kanlı Zulüm Görüşü, 1644) adlı eserinde şöyleyazdı: “ Bu Tanrının hem isteği hem de emridir – en Pagan, Musevi, Türk veya Hıristiyan karşıtı vicdan hürriyeti ve tapınma için her ulustan herkese izin verilmesi . . . ” Cana yakın ve insanca Kızılderililerin yanında yaşarken edindiği kültürler arası deneyimler hiç kuşkusuz onun bilgeliğini oluşturdu.
Sömürgelerde etkileşim iki yönlüydü. Örneğin, John Eliot İncili Narragansett diline çevirdi. Bazı Kızılderililer Hıristiyanlığı seçtiler. Bugün bile, Yerli Amerikan kilisesi Hıristiyanlık ve Kızılderililerin geleneksel inançlarının bir karışımıdır.
Amerikan sömürgelerinde yavaş yavaş ortaya çıkan hoşgörü ve dinsel özgürlük ruhunun temeli Quaker’ların memleketi olan Rhode Island ve Pennsylvania’da atılmıştı. İnsancıl ve hoşgörülü olan Quakerlar, ya da bilinen adlarıyla “Dostlar” bireyin vicdanının kutsallığının sosyal düzen ve ahlakın kaynağı olduğuna inanırlardı. Quakerların evrensel sevgi ve kardeşliğe olan
temel inançları onları son derece demokratik yaptı ve dogmatik dinsel otoriteye karşı çıktılar. Etkilerinden korkan katı Massachusetts tarafından sürülen Quakerlar, William Penn’in liderliğinde 1681’de Pennsylvania adlı çok başarılı bir sömürge kurdular.